A Montefiorentino Francesco fonda un piccolo convento sopra monte Castellaro, dove fa scaturire una fonte miracolosa. Nella chiesa del '200 si possono ammirare il capolavoro di Giovanni Santi, padre di Raffaello, la Madonna con Bambino del 1489 e la Cappella dei Conti Oliva che accoglie le bianche arche mar-moree contenenti le spoglie di Gianfrancesco Oliva e di sua moglie Marsibilia Trinci di Foli-gno. Su ognuna di esse poggia la scultura raffigurante il defunto, opera di Francesco di Simone di Fiesole. Il Poverello ha amici nella Terra del Duca; tra essi don Bartolomeo di Mercatello sul Metauro, un religioso di grande santità, caro a papa Gregorio IX, che è solito dare ospitalità nella sua casa ai Frati Minori che passano da quelle parti. Francesco dà a lui l'incarico di accogliere i postulanti che chiedono di entrare nell'Ordine o di inviargli quelli che gli siano piaciuti. 
Numerose le tracce francescane a Gubbio, dove il Poverello sosta a lungo agli inizi del 1207, dopo la rinuncia dei beni fatta al padre Bernardone. Tra queste la Chiesa della Vittorina, primo insediamento dei Minori, che la tradizione indica come il luogo dove Francesco ammansisce il lupo. L'episodio narrato nei Fioretti ha reso Gubbio famosa in tutto il mondo: "sulle spiagge bretoni, come nelle capanne della Sierra Nevada le mamme cullano i figli cantando l'antica città medioevale dalle vecchie torri merlate ed i suoi abitanti spaventati dal feroce lupo"; la Chiesa di S. Francesco, in stile romanico-gotico, i cui lavori iniziano subito dopo la morte del Poverello. L'interno, a tre navate, è di tipo basilicale e poggia sul fondaco degli Spadalonga, la famiglia amica di Francesco che lo riveste con una misera tunica; la Chiesa di S. Francesco della Pace, costruita sopra la grotta dove per due anni vive il lupo ammansito da Francesco. 
Nel nome di Francesco, che costituisce un esempio fondamentale per il suo amore verso tutto il creato e invita l'uomo del terzo Millennio ad amare e rispettare la natura, a Gubbio sono state elaborate da "Terra Mater" tre Carte fondamentali consegnate recentemente dal sindaco di Loreto  all'ex presidente Gorbaciov e al metropolita di Mosca, quale contributo per la diffusione dell'educazione ambientale, ritenuta un'azione essenziale per la salvezza del pianeta Terra.