Il territorio del Ducato è frazionato in tante piccole signorie, 

rette dalla nobiltà vecchia e dalla nobiltà nuova o dalle duchesse di Urbino alle quali sono spesso affidate: sempre quando restano vedove, ma spesso mentre ancora sono viventi i mariti.

È il caso di Gradara, celebre per il suo castello legato a Paolo e a Francesca ed agli immortali versi di Dante, ma anche di Castelleone,

Montebello, Corinaldo e tante altre che le donne di casa Della Rovere governano con saggezza, dimorandovi per lunghi periodi.
A metà del Cinquecento le piccole corti del territorio sono una cinquantina e, ad esse, vanno aggiunte quelle vescovili delle sette città sedi di diocesi (Gubbio, Pennabilli, Fossombrone, Cagli, Urbania, Senigallia, Pesaro) e quella dell'archidiocesi di Urbino. Molti centri sono posseduti da famiglie della nobiltà antica del Ducato: a Piandimeleto i conti Oliva fanno decorare la loro cappella funebre da Giovanni Santi, padre di Raffaello, a Piobbico i Brancaleoni ampliano il loro castello, ad Apecchio la rocca degli Ubaldini parla ancora oggi del potere dell'antica famiglia che condivide le sorti dei Montefeltro.

Altrettante Signorie vengono date alla nobiltà "nuova":quella creata o esaltata dai duchi che infeudano parti importanti della loro terra a famiglie fedeli.

I Fregoso, giunti dalla Liguria terra d'origine dei Della Rovere, hanno in feudo Sant'Agata Feltria e Agostino Fregoso sposa Gentile, figlia illegittima e amata di Federico da Montefeltro che le dona la rocca, ristrutturata da Francesco di Giorgio Martini, sede per due secoli di una piccola corte rinascimentale; i Doria reggono a lungo il feudo di Sassocorvaro. I conti Giraldi, imparentati con i Della Rovere, hanno Mondolfo; Frontone, con la bella rocca ristrutturata da Francesco di Giorgio Martini, è concessa nel 1530 ai modenesi Della Porta. 
Questa miriade di piccole Signorie copre il territorio, portando ovunque l'aria nuova del Rinascimento ed una incalcolabile quantità di beni culturali. La ricchezza di tanti signori è determinata anche dal possedere piccole compagnie di ventura che vanno ad ingrossare le file del più vasto esercito urbinate. Ai nobili cavalieri si aggiungono, poi, i fanti che provengono da larghi strati della popolazione. Inoltre, il complesso apparato di una grande compagnia di ventura dà vita ad una multiforme attività artigianale specializzata: si pensi solo alle armature ed alle stesse armi, mentre anche le colture delle campagne vengono modificate per rispondere alle necessità delle corti e dell'esercito. 
Terra di città capitali e terra di città ideali, terra di piccole Signorie nelle quali si respira, dunque, come in tutti gli altri centri del Ducato, la stessa matrice culturale, espressa dalla evidente unitarietà artistica ed architettonica dei suoi beni culturali.